Stjórnmálaþáttaka
Fyrstu sporin
Þegar Jón Sigurðsson hafði dvalist nokkur ár í Kaupmannahöfn fór hann að hafa æ sterkari skoðanir á stjórnmálasamskiptum Íslendinga og Dana, sérstaklega í verslunarmálum. Þetta kemur skýrt fram í bréfum hans til vina sinna á árunum 1839–1840. Ekki leið á löngu þar til hann fór að beita sér á opinberum vettvangi í þessum efnum. Í júní 1840 blandaði hann sér í blaðadeilu um skipan Íslandsverslunarinnar með sinni fyrstu blaðagrein. Greinin var í þremur hlutum og birtist í dagblaðinu Kjøbenhavnposten undir dulnefninu 8+1. Í henni færði Jón söguleg rök fyrir því að skipan verslunarmála væri óréttlát fyrir Íslendinga og að andúð þeirra á dönskum kaupmönnum væri fyrst og fremst fólgin í baráttu frjálsrar verslunar gegn einokun. Upp frá þessu fór Jón að láta meira að sér kveða á opinberum vettvangi um réttindi Íslands í löngum og ítarlegum blaðagreinum.
Endurreisn Alþingis
Vorið 1840 bárust fréttir af því að Kristján VIII. Danakonungur hefði samþykkt að kanna grundvöll þess að setja á fót fulltrúaþing á Íslandi. Jón fagnaði þessum fréttum mjög og skrifaði ítarlega ritgerð um málið í fyrsta árgangi Nýrra félagsrita sem hann hleypti af stokkunum árið 1841. Ritgerðin bar titilinn „Um Alþing á Íslandi“ og telst hún vera fyrsta grundvallarritgerð hans um íslensk stjórnmál. Málið var rætt í sérstakri embættismannanefnd og loks tekið fyrir á þingi í Hróarskeldu árið 1842. Jón Sigurðsson og fleiri Hafnar-Íslendingar töldu reyndar að fyrirhuguð skipan Alþingis væri ekki nægilega vel höguð eftir íslenskum aðstæðum og komu athugasemdum sínum á framfæri við konung. Töluvert var fjallað um málið á þinginu í Hróarskeldu en niðurstaða þess var sú að endurreisa ætti Alþingi á Íslandi og gaf konungur út tilskipun þess efnis í mars 1843. Tveimur árum síðar kom þingið saman í nýreistu húsi Lærða skólans í Reykjavík.
Þingmaðurinn Jón Sigurðsson
Kosningar til hins endurreista Alþingis fóru fram vorið 1844. Jón lét setja sig á kjörskrá í Ísafjarðarsýslu, enda uppfyllti hann kröfur um kjörgengi þar sem hann var orðinn þrítugur og átti jafnframt jarðnæði í sýslunni. Jón náði kjöri og var þingmaður Ísfirðinga alla tíð síðan. Alþingi var háð nokkrar vikur í senn annað hvert ár í húsi Lærða skólans í Reykjavík. Þegar litið er yfir þingstörf Jóns má glöggt sjá hve virkur hann var sem þingmaður og óhræddur við að gagnrýna málatilbúnað af hendi stjórnvalda. Jón þótti einnig afbragðsgóður ræðumaður og leggja mál sitt skipulega fram og af mikilli rökvísi. Hann var lengst af forseti Alþingis og beitti sér fyrir bættum umbúnaði þess og var meðal annars hvatamaður að stofnun sérstaks bókasafns fyrir Alþingi.
Þjóðfundurinn 1851
Við fall einveldisins í Danmörku 1848 fengu Íslendingar tækifæri til að leggja fram óskir um stjórnskipan Íslands. Undirbúningur var hafinn fyrir sérstakan þjóðfund þar sem ræða átti þessi mál. Kosningar til fundarins fóru fram sumarið 1850 en þjóðfundurinn sjálfur í júlí og byrjun ágúst ári síðar. Á fundinum var lagt fram stjórnarfrumvarp um stöðu Íslands innan danska ríkisins. Í stuttu máli var frumvarpið í engu samræmi við óskir Íslendinga sem mótaðar voru af hugmyndum Jóns Sigurðssonar um innlent stjórnvald, löggjafar-, dóms- og framkvæmdavald og fjárforræði. Frumvarpið var sett í nefnd sem skilaði af sér áliti tveimur vikum síðar. Meirihluti nefndarinnar taldi að fella ætti stjórnarfrumvarpið og leggja þess í stað fram frumvarp að stjórnarskrá fyrir Ísland þar sem lögð væri mikil áhersla á sjálfræði þjóðarinnar í samræmi við hugmyndir Jóns Sigurðssonar. Trampe greifi, fulltrúi konungs, sleit þá skyndilega fundinum við hávær mótmæli þingmanna.
Ný félagsrit
Árið 1841 leit tímaritið Ný félagsrit dagsins ljós. Tímaritið var gefið út undir forystu Jóns Sigurðssonar og birti hann þar sínar helstu stjórnmálaritgerðir í rúm þrjátíu ár eða allt til ársins 1873 þegar tímaritið hætti útgáfu og Andvari tók við hlutverki þess. Ný félagsrit höfðu þýðingarmiklu hlutverki að gegna við að kynna Íslendingum röksemdir Jóns um réttarstöðu Íslands og þar komu fram helstu rök sem voru leiðarljós í sjálfstæðisbaráttunni um nokkurra áratuga skeið. Útgáfa tímaritsins var nokkuð erfið um tíma, bæði vegna kostnaðar og lakra samgangna á Íslandi. Mörg dæmi voru um að tímaritið bærist seint til áskrifenda og í slæmu ástandi eftir langa flutninga frá Kaupmannahöfn þar sem það var prentað. Upphaflega kom það út í 1.000 eintökum en strax þremur árum síðar var sú tala komin niður í 600 en fór upp í 800 eintök nokkrum árum seinna. Forstöðunefnd tímaritsins lét þó ekki deigan síga og hélt útgáfunni áfram nánast óslitið í rúm þrjátíu ár.
Kröfumál
Meginhugmyndir Jóns Sigurðssonar um samband Íslands og Danmerkur komu fram í ritgerð hans, „Hugvekja til Íslendinga“, sem birtist í Nýjum félagsritum árið 1848. Í ritgerðinni færði hann rök fyrir því að Íslendingar ættu að fá aukna innlenda sjálfsstjórn og þar á meðal innlent löggjafarþing. Hann taldi að með Gamla sáttmála hefðu Íslendingar gengið Noregskonungi og síðar Danakonungi á hönd. Íslendingar ættu því í raun að vera óbundnir af ákvörðunum danska þingsins og gætu farið fram á aukna sjálfsstjórn undir Danakonungi í stað þess að vera eins og hvert annað hérað í danska konungsveldinu. Önnur meginhugmynd Jóns fólst í fjárhagslegri stöðu Íslands gagnvart Danmörku en hann taldi að Íslendingar ættu skuldakröfu á hendur Dönum, meðal annars vegna hagnaðar þeirra af einokunarversluninni í gegnum aldirnar. Jón áleit að Ísland væri því ekki fjárhagslegur baggi á Dönum, heldur hefðu Danir þvert á móti auðgast á sambandi þjóðanna í áranna rás. Jón skrifaði ítarlega ritgerð um þessi efni í Ný félagsrit árið 1862. Þessar kröfur Jóns voru áberandi í stjórnmálaumræðu Íslendinga fram eftir nítjándu öld.