Reykjavík
Þegar Jón var tæpra 18 ára hleypti hann loks heimdraganum. Vorið 1829 hélt hann til smábæjarins Reykjavíkur til að taka stúdentspróf hjá dómkirkjuprestinum og fékk hann afar loflega prófumsögn. Jafnframt fékk hann prédikunarleyfi og hefði getað orðið prestur við svo búið. Þá bjuggu í Reykjavík um 600 manns. Jón bjó hjá föðurbróður sínum í Aðalstræti 5, Einari Jónssyni, sem var verslunarstjóri Knudtzonsverslunar í Hafnarstræti. Hjá honum vann Jón sem búðarloka fram til næsta árs.
Árið 1830 fékk Jón Sigurðsson vinnu sem ritari hjá biskupnum yfir Íslandi, Steingrími Jónssyni, sem bjó í Laugarnesi í nágrenni Reykjavíkur. Þar var hann heimilisfastur í þrjú ár. Hann kynntist á biskupssetrinu stærsta bóka- og handritasafni landsins, sem komið var úr Skálholti, og náði fljótlega leikni í að lesa gömul handrit. Hann var fenginn til þess að aðstoða menn, svo sem málfræðinginn Sveinbjörn Egilsson, sem komu að Laugarnesi til að kynna sér forn handrit. Eitt sumarið fór Jón í langa vísitasíuferð með biskupi um Vesturland. Áður en hann sigldi til Kaupmannahafnar haustið 1833 trúlofaðist hann Ingibjörgu Einarsdóttur sem var sjö árum eldri en hann. Hún var dóttir Einars borgara og voru þau því bræðrabörn. Hún sat síðan í festum næstu 12 ár.
Sumarið 1845 kom Jón aftur til Reykjavíkur, eftir tólf ára dvöl í Kaupmannahöfn, til að sitja hið fyrsta endurreista alþingi en Jón hafði verið mikill fylgismaður þess að það kæmi saman í Reykjavík en ekki á Þingvöllum. Hann kvæntist þá Ingibjörgu sem orðin var 41 árs en hann var 34 ára. Alþingi sat að jafnaði annað hvert ár, nokkrar vikur í senn að sumarlagi, og voru þingfundirnir haldnir „á sal“ Lærða skólans. Þau Jón og Ingibjörg komu því til Reykjavíkur annað hvert ár með nokkrum undantekningum allt til ársins 1877 og dvöldu þar stundum allt að nokkrum mánuðum í senn. Höfðu þau þá oftast búsetu hjá vinum eða ættingjum. Einungis tvö af þeim húsum sem Jón og Ingibjörg bjuggu í á ferðum sínum til Reykjavíkur eru nú uppistandandi. Annað er Aðalstræti 10 þar sem þau bjuggu 1857, 1859, 1865 og 1867. Húsráðandi var Jens, bróðir Jóns, og höfðu hjónin tvær stofur í sunnanverðu húsinu til umráða. Á meðan á þinginu 1869 stóð bjuggu þau hjá Jens í rektorsíbúðinni í Lærða skólanum (nú Menntaskólanum í Reykjavík).
Vorið 1880 komu kistur Jóns og Ingibjargar með póstskipinu til Reykjavíkur og voru þau grafin með mikilli viðhöfn í kirkjugarðinum við Suðurgötu.