Stór hluti þess efnis sem Jón lét eftir sig í handritasafni sínu er í formi minnisgreina um margvísleg hugðarefni hans. Hann notaði oft bláa miða af ýmsum stærðum, jafnvel umslög utan af sendibréfum sem hann fékk, til að halda utan um þann fróðleik sem hann vildi halda til haga af einni eða annarri ástæðu. Þar kennir margra grasa og safnið ber þess vott hversu yfirgripsmikið áhugasvið Jóns var. Lætur nærri að ekkert íslenskt efni hafi verið honum óviðkomandi. Íslenskar bókmenntir af ýmsum toga fylla stóran hluta safns hans og íslensk saga er þar einnig fyrirferðarmikil. Víða í skjalapökkum Jóns Sigurðssonar má finna áhugaverð frumskjöl liggja innan um minnismiða Jóns og annað sem viðkomandi efni tengdist.
Í handritasafni Jóns er að finna fjölda kvæða-, rímna- og sálmahandrita. Þar eru meðal annars frumrit Hallgríms Péturssonar að Passíusálmunum og kvæði ýmissa alþýðuskálda. Hér má sjá forsíðu sálmasafns Hallgríms Péturssonar sem Guðmundur Runólfsson skrifaði upp árið 1730 (JS 208 8vo).
Skoða á Handrit.isJón hafði mikinn áhuga á eldsumbrotum á Íslandi og samkvæmt uppkasti að bréfi sem hann skrifaði til Direktionen for den grevelige Hjelmstjerne-Rosencronske Stiftelse í október árið 1870 hafði hann hug á að gefa út heimildarit um eldgos á Íslandi allt frá landnámstíð, samtíðarfrásagnir manna um eldgos, annálaskrif og annað frumefni um eldgos. Í handritasafni Jóns er að finna töluvert efni sem hann hafði viðað að sér um eldgos og hér má sjá vitnisburð Arnórs Jónssonar á Dunk frá 7. september 1738 (JS 425 4to).
Skoða á Handrit.isMeðal þess sem er að finna í safni Jóns er ýmis samtíningur hans um rúnir. Í JS 149 fol. er mikið magn af slíku efni, teikningar af rúnasteinum, rúnastafróf ýmiss konar og annað efni sem rúnum tengist. Skjal þetta var skrifað af séra Sveini Jónssyni á Barði á 17. öld og sýnir það átta mismunandi leturtegundir, meðal annars springletur, villuletur og málrúnir (JS 149 fol.).
Skoða á Handrit.isDaninn Andreas Charles Teilmann ferðaðist um Ísland árið 1820 í vísindalegum tilgangi og kom m.a. að Þingvöllum. Í safni Jóns er bréf sem Teilmann sendi Den kongelige Comission for Oldsagers Opbevaring og varðar fornminjar á Þingvöllum. Jón safnaði að sér töluverðum upplýsingum um fornminjar á Íslandi. Þessi teikning fylgdi bréfi Teilmanns (Lbs 268 fol.).
Skoða á Handrit.is
Í JS 496 4to er að finna samtíning Jóns Sigurðssonar um fangamörk manna fyrr á tímum ásamt uppkasti hans að grein um það efni (JS 496 4to).
Skoða á Handrit.is